শুক্রবার (৩১ জুলাই) সকালে নাস্তার সময় শ্বাসনালিতে খাবার আটকে অচেতন হয়ে পড়েন তিনি। পরে রাজধানীর একটি হাসপাতালে নেওয়া হলে চিকিৎসক তাকে মৃত ঘোষণা করেন। মৃত্যুকালে তার বয়স হয়েছিল ৫৮ বছর। বিশ্ববিদ্যালয়ের জনসংযোগ দপ্তর থেকে পাঠানো এক সংবাদ বিজ্ঞপ্তিতে এ তথ্য জানানো হয়েছে।

অধ্যাপক ড. দীপ্তি সাহার মৃত্যুতে গভীর শোক প্রকাশ করেছেন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য অধ্যাপক ড. এ বি এম ওবায়দুল ইসলাম। শোকবার্তায় তিনি বলেন, ড. দীপ্তি সাহা একজন প্রথিতযশা শিক্ষক ও গবেষক ছিলেন। শিক্ষা ও গবেষণায় তার অবদান দেশ সবসময় শ্রদ্ধার সঙ্গে স্মরণ করবে।

উপাচার্য প্রয়াত অধ্যাপকের আত্মার শান্তি কামনা করেন এবং তার শোকসন্তপ্ত পরিবারের সদস্যদের প্রতি গভীর সমবেদনা জানান।

শুক্রবার (৩১ জুলাই) বিকেলে শিক্ষক-শিক্ষার্থীদের শ্রদ্ধা জানানোর জন্য অধ্যাপক ড. দীপ্তি সাহার মরদেহ ফলিত রসায়ন ও কেমিকৌশল বিভাগে নেওয়া হয়। সেখানে উপাচার্যের পক্ষে ভারপ্রাপ্ত নিবন্ধক তার কফিনে ফুল দিয়ে শ্রদ্ধা জানান।

পরে রাজধানীর পোস্তগোলার শ্মশানে তার শেষকৃত্য সম্পন্ন হয়।