স্থানীয় সময় বুধবার (৯ ফেব্রুয়ারি) মালয়েশিয়ার সেলাঙ্গর রাজ্যের আমপাং এলাকার তার বাসা থেকে তাকে আটক করা হয়। মালয়েশিয়ায় তিনি এক দশকেরও বেশি সময় ধরে শরণার্থী হিসেবে বসবাস করছেন। আটকের পর খায়রুজ্জামানের আইনজীবী এ এস ডালিওয়াল অবিলম্বে তার মুক্তি দাবি করে মালয়েশিয়া কর্তৃপক্ষকে আইনি নোটিশ দিয়েছেন।  নোটিশে আইনজীবী এ এস ডালিওয়াল নোটিশে উল্লেখ করেন, মোহাম্মদ খায়রুজ্জামান (UNHCR নং 354-10C02267) নামে এক বাংলাদেশি নাগরিককে মালয়েশিয়ার অভিবাসন বিভাগ কোনো বৈধ কারণ ছাড়াই আটক করেছে।  বাহাসা মালয়েশিয়ায় লেখা নোটিশে আরও বলা হয়েছে,

ইউএনএইচসিআর কার্ডধারী হিসেবে খায়রুজ্জামানের মালয়েশিয়ায় থাকার অধিকার রয়েছে। এসময় তিনি জানান, খায়রুজ্জামানকে ২৪ ঘণ্টার মধ্যে মুক্তি না দেওয়া হলে রিট করবেন বলে জানিয়েছেন। সেনাবাহিনীর অবসরপ্রাপ্ত মেজর মোহাম্মদ খায়রুজ্জামান ১৯৭৫ সালের জেল হত্যা মামলায় অভিযুক্ত ছিলেন এবং পরে খালাস পান। খালাস পাওয়ার পর ২০০৫ সালের সেপ্টেম্বর থেকে ২০০৭ সালের আগস্ট পর্যন্ত মিয়ানমারে রাষ্ট্রদূত হিসেবে নিযুক্ত হন। ক্ষমতা গ্রহণের পর শেখ হাসিনার নেতৃত্বাধীন সরকার ২০০৯ সালের জানুয়ারিতে খায়রুজ্জামানকে ঢাকায় ফিরতে আহ্বান জানান এবং পরবর্তীতে তার বাংলাদেশি পাসপোর্ট বাতিল করা হয়। খায়রুজ্জামান তার জীবনের ঝুঁকি অনুমান করে তিনি কুয়ালালামপুরে জাতিসংঘের শরণার্থী বিষয়ক হাইকমিশনারের (ইউএনএইচসিআর) কাছে যান এবং মালয়েশিয়ায় তার অবস্থান চালিয়ে যাওয়ার জন্য একটি পরিচয়পত্র পান।